Dado que este topónimo hace referencia al lugar donde se ponen los mojones para separar dos términos o confrontaciones, posiblemente haga referencia a la división de dos tahas en la época nazarí, la de Dalías y la de Felix. Con la conquista cristiana la taha de Dalías fue entregada a Boabdil, pero al partir para África pasó de nuevo a ser de realengo en 1493, y la taha de Felix junto a Enix y Vícar pasan a la órbita de Almería. Así pasará también con la división religiosa. A través de los siglos crearían conflictos frecuentes entre los dos territorios, de ahí la posible explicación de su nombre. El municipio de La Mojonera es el más joven de los municipios almerienses, se constituyó como tal el 10 de abril de 1984. La Mojonera contaba en el momento de su independencia con una población de unos 3500 habitantes, contando actualmente con 10000, lo que da buena muestra de su enorme crecimiento y proyección. Este gran desarrollo ha tenido su origen en la agricultura intensiva que hoy sigue siendo la principal actividad de los vecinos de La Mojonera. El desarrollo agrario del poniente almeriense tiene un buen ejemplo en La Mojonera. Actualmente los vecinos de La Mojonera están asistiendo a una fase de crecimiento del municipio sin precedentes